Los mamíferos presentes en la actualidad, a excepción de los murciélagos, han sido reintroducidos por el hombre y no tienen excesivo interés. Debemos destacar otros elementos faunísticos estrictamente insulares, es decir, aquellos que quedaron después del aislamiento de estas tierras y que han experimentado procesos específicos de diferenciación: tenebriónidos endémicos, moluscos e invertebrados cavernícolas. Especial mención merecen las 10 subespecies endémicas de lagartija de las Baleares que viven en diferentes islotes de Cabrera. El archipiélago aloja a más del 80% de la población mundial de esta especie.

El entorno marino
El medio marino es especialmente diverso y productivo. Las corrientes, la variedad del relieve y el tipo de fondo condicionan una gran diversidad de biótopos, desde las praderas de Posidonia oceanica, hasta las comunidades coralígenas. La ausencia de aportes terrígenos confiere a las aguas del archipiélago una extraordinaria claridad. Se han hallado en ellas más de la mitad de los peces de Baleares y son aguas favorables a la presencia de cetáceos y tortugas marinas. La foca monje -el vell marí- criaba en las cuevas litorales de Cabrera hasta la segunda mitad de este siglo, cuando se extinguió por la acción del hombre.

Usos y aprovechamiento de los recursos
Cabrera mantuvo una precaria explotación agraria hasta principios de siglo, cuando pasó a ser propiedad del Ejército español, que llevó a cabo intensas maniobras militares entre 1974 y 1988. Uno de los recursos más explotados del archipiélago ha sido la pesca. Actualmente, la pesca deportiva está prohibida en los límites del parque y la profesional está regulada y limitada.

Conservación y amenazas
La historia de Cabrera está firmemente vinculada a la conservación de la naturaleza que hoy en día existe en la isla. El uso de los recursos naturales del archipiélago, madera, animales y plantas silvestres, cazados o comidos, agricultura de subsistencia y rebaños de ganado en libertad, han contribuido seguramente a la extinción de poblaciones insulares de no pocos organismos. Es bien conocida, por ejemplo, la estancia durante cinco años de 5.500 prisioneros franceses derrotados en la batalla de Bailén (1808), de los cuales sólo se salvaron dos mil y pico después de haberse comido todo lo que encontraron.

Según Gaston de Vuillier, viajero francés que llegó a la isla en 1889: "la situación de los cautivos era horrorosa; habían devorado todo lo que pudo convertirse en alimento para saciar su hambre: ratas, lagartos, reptiles... Algunos intentaban comer piedra, leña... y sucumbían víctimas de ataques de rabia". Durante los años setenta, se inició un movimiento popular de reivindicación de la protección del archipiélago, recogido por el Parlament de les Illes Balears en el año 1989 y que culminó con la declaración de Parque Nacional en 1991, por las Cortes Generales. Los límites del Parque incluyen más de 10.000 ha, de las cuales 1.836 corresponden a las tierras emergidas y el resto al medio marino. El conjunto es propiedad del Estado.

Desde la declaración del parque, la gestión tiende a una conservación efectiva del patrimonio natural y a la investigación científica encaminada a garantizar la estabilidad de los ecosistemas y la permanencia de los actuales habitantes, tanto animales como vegetales.